آيت‌الله جعفر سبحاني در ديدار با رئيس‌العلماي كشور بوسنيگفت: جمعيت تكفيري كه امروز در دنيا پيدا شده بزرگ
ترين ضربه را به وحدت مسلمين زده است. وي تصريح كرد: علماي بوسني نبايد اجازه دهند مسايل تفرقه‌انگيز در آنجا مطرح شود و با برنامه‌ريزي دقيق، جلوي هر نوع اختلاف را بگيرند.
اين مرجع تقليد بيان داشت: دشمنان در صدد ايجاد تفرقه و جنگ در كشورهاي اسلامي هستند و بايد با توطئه‌‌هاي آنان مقابله شود.
آيت‌الله سبحاني گفت: جريان تكفيري چه داعيه‌اي دارد كه 5/1 ميليارد مسلمان را كافر و خود را مسلمانان بداند.
وي با بيان اينكه با اشاعه مسيحيت، اسلام به عنوان دين شمشير و زور معرفي شد، افزود: دين اسلام دين منطق است و استفاده از شمشير براي كسب آزادي و رساندن پيام خود بود.
استاد حوزه علميه قم با اشاره به اينكه حركت‌هاي گروه‌هاي انحرافي مانند القاعده و طالبان تمام زحمات علماي اسلام را به هدر مي‌دهد، بيان داشت: اين گروه‌ها اگر بخواهند به اين شيوه اسلام را تبليغ كنند، غربي‌ها باور خواهند كرد كه اسلام، دين شمشير است نه منطق، استدلال و تفكر.
آيت‌الله سبحاني با انتقاد از برخي علماي اهل‌سنت كه جشن ميلاد حضرت رسول (ص) را بدعت بيان كرده‌اند، گفت: تمام مسلمانان روز ولادت حضرت محمد (ص) را جشن مي‌گيرند، در حالي كه بعضي از علماي اهل سنت در نوشته‌هاي خود برگزاركنندگان جشن مولود پيامبر اسلام را كافر و يا بدعت‌گذار مي‌نامند.