معظم له در ديدار رئيس دانشگاه آزاد اسلامي و همراهان وي با اشاره به شكل‌گيري دانشگاه آزاد اظهار كرد: تاسيس اين دانشگاه در آن زمان با مخالفت‌هايي روبه‌رو بود اما ما با توجه به كمبود فضاي دانشگاهي طرفدار ايجاد آن بوديم.
ايشان ادامه داد: در آن زمان دانشگاه‌هاي موجود كافي نبودند و افراد براي تحصيل به خارج از كشور مي‌رفتند بنابراين بايد مركزي ايجاد و مشكل كنكور را حل مي‌كرد تا دانشجويان بتوانند تحصيل كرده و مراحل علمي را طي كنند.
معظم له با بيان اينكه هيچ واحدي در دنيا بدون عيب و نقص نيست، گفت: گفتن عيب، عيب نيست بلكه نوعي تكامل است اما آنچه بايد گفت اين است كه اين دانشگاه مشكلاتي را توليد كرد.
وي مدرك گرايي را مهم‌ترين آسيب و مشكل دانشگاه دانست و افزود: هدف دانشجويان براي تحصيل در اين دانشگاه، صرفا اخذ مدرك براي اشتغال است كه با هدف دانشگاه تطبيق نمي‌كند.
معظم له با بيان اينكه اين دانشگاه بايد در مسير تربيت مولد، پزشك، كاشف و مخترع حركت كند، ابراز كرد: در مجموع هدف دانشگاه بايد تربيت گروهي عالم باشد چرا كه كشوري مستقل است كه عالم‌پرور بوده و در دانش به ديگران دست نياز دراز نكند.
ايشان خطاب به رئيس دانشگاه آزاد تصريح كرد: اگر اين مسئله در گذشته در اين مسير نبوده است، در زمان كنوني كه شما تصدي رياست دانشگاه آزاد را بر عهده گرفته‌ايد بايد بوعلي سيناها و خواجه نصيرها را تربيت كنيد تا در جهان علم بدرخشند و مشكلات را برطرف كنند.
معظم له با اشاره به پسوند اسلامي در ادامه دانشگاه آزاد گفت: پسوند اسلامي بهترين دليل بر اين مسئله است كه اين دانشگاه اسلامي باشد و كارمند، دانشجو و استاد آن صبغه اسلامي داشته باشند اما عملا اين دانشگاه در برخي موارد اين صبغه را نداشته است.
وي تاكيد كرد: حالت اسلامي بايد در اين دانشگاه گل كند و خود را نشان دهد.
آيت‌الله سبحاني اختلاط دختر و پسر را آسيب ديگر اين دانشگاه دانست و با اشاره به داستاني در مورد جداسازي محل تحصيل دانش‌آموزان در زمان طاغوت گفت: بيشترين فساد در دبيرستان نيست در مرحله بالاتر و زماني است كه قواي جنسي در حال تكامل است.
وي بر جداسازي واحدهاي آموزشي دختران از پسران تاكيد كرد و افزود: بايد كوشش كنيد كه واحد دختران غير از واحد پسران باشد نه اينكه گوشه‌اي از كلاس دختران نشسته و گوشه‌اي ديگر پسران بنشينند.
ايشان ادامه داد: اگر واقعا مايليد به اين مسئوليت عمل كنيد بايد آرام آرام و بدون تنش نسبت به جداسازي واحدها اقدام كنيد تا با بداخلاقي دانشجويان مواجه نشويد.
وي خانه‌هاي دانشجويي را يكي ديگر از مشكلات دانشگاه آزاد برشمرد و افزود: بايد خوابگاه مستقلي براي دانشجويان در نظر گرفته شده و بر اين خوابگاه‌ها نظارت شود.
آيت‌الله سبحاني بر دقت در گزينش اساتيد تاكيد كرد و گفت: مراقب باشيد اساتيد به گونه‌اي تدريس نكنند كه دانشجويان را مادي و ملحد بار بياورند، بلكه اساتيد هر دو جنبه مادي و الهي را بيان كنند.
وي به نقش مهم استاد در تربيت اسلامي و اخلاقي كردن دانشجو اشاره كرد و ادامه داد: توجه داشته باشيد تا در صورت شكايت از اخلاق استاد فورا به آن رسيدگي كنيد تا در صورت اسلامي نبودن به كار وي خاتمه دهيد.
معظم له در پايان خطاب به دانشجو گفت: درب اطاقتان به روي مراجعه كنندگان باز باشد تا بتوانند مشكلات را به شما ارائه كنند.